As desvantagens da deposição por pulverização catódica podem ser resumidas da seguinte forma:
1) Baixas taxas de deposição: Em comparação com outros métodos de deposição, como a evaporação térmica, as taxas de pulverização catódica são geralmente mais baixas. Isto significa que demora mais tempo a depositar uma espessura de película desejada.
2) Deposição não uniforme: Em muitas configurações, a distribuição do fluxo de deposição não é uniforme. Isto requer uma fixação móvel para obter películas de espessura uniforme. A deposição por pulverização catódica não é adequada para depositar películas de grande área com espessura uniforme.
3) Alvos caros e má utilização do material: Os alvos de pulverização catódica são muitas vezes caros e a utilização do material durante o processo de deposição pode não ser eficiente.
4) Geração de calor: A maior parte da energia incidente no alvo durante a pulverização catódica transforma-se em calor, que tem de ser removido. Isto requer a utilização de um sistema de arrefecimento, o que pode diminuir a taxa de produção e aumentar os custos energéticos.
5) Contaminação do filme: Em alguns casos, os contaminantes gasosos no plasma podem ser "activados" e causar contaminação da película. Isto pode ser mais problemático do que na evaporação em vácuo.
6) Controlo da deposição por pulverização catódica reactiva: Na deposição por pulverização reactiva, a composição do gás deve ser cuidadosamente controlada para evitar o envenenamento do alvo de pulverização.
7) Dificuldade em combinar com o processo de deposição por arranque: A caraterística de transporte difuso da pulverização catódica dificulta a sua combinação com um processo de levantamento para estruturar a película. Este facto pode levar a problemas de contaminação.
8) Impurezas no substrato: A pulverização catódica tem uma maior tendência para introduzir impurezas no substrato, em comparação com a deposição por evaporação, uma vez que funciona num intervalo de vácuo menor.
9) Dificuldade de controlo preciso da espessura da película: Embora a pulverização catódica permita taxas de deposição elevadas sem limite de espessura, não permite um controlo preciso da espessura da película.
10) Degradação de sólidos orgânicos: Alguns materiais, como os sólidos orgânicos, são facilmente degradados pelo bombardeamento iónico durante o processo de pulverização catódica.
De um modo geral, embora a deposição por pulverização catódica tenha várias vantagens, incluindo uma melhor densificação da película e um controlo mais fácil da composição da liga, tem também desvantagens significativas, tais como baixas taxas de deposição, deposição não uniforme e contaminação da película. Estas desvantagens devem ser consideradas aquando da escolha de um método de deposição para aplicações específicas.
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